Un babuino híbrido en el parque nacional de Kafue (Zambia). Estos babuinos inspiraron la secuenciación de ADN fecal. Imagen: Kenneth Chiou

Los secretos del reino animal podrían estar ocultos en montones de caca.

Eso es lo que creen los dos científicos que idearon un método para secuenciar el genoma de los babuinos utilizando los excrementos de estos animales. Con el tiempo, la técnica podría usarse para arrojar luz sobre algunos de los animales menos estudiados del planeta.

Los antropólogos Kenneth L. Chiou y Christina Bergey pretendían estudiar cómo se transfiere material genético entre las diferentes especies de babuinos en el desierto de Zambia, pero estaban teniendo serias dificultades para recolectar las muestras de sangre de babuino que necesitaban para completar su trabajo.

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“Los babuinos son enormes y muy inteligentes”, explica Chiou a Gizmodo. “Es difícil atraparlos”.

Chiou construyó jaulas y atrajo a los animales con maíz seco, pero luego pasó meses tratando de convencerlos de que no huyeran al verlo. Incluso muchos de los que llegó a atrapar acabaron escapándose.

“Me rompían las jaulas. Se salían de ellas. Fue muy difícil”, cuenta. “Pero pensamos que si hacíamos esto con las heces nos ahorraríamos todos los problemas. Aunque se alejen de ti, suelen dejar excrementos que puedes recoger”.

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Chiou, un estudiante de doctorado que cursa su último año en la Universidad de Washington, y Bergey, investigadora posdoctoral en Penn State, escribieron un artículo sobre un nuevo método para estudiar la genética del babuino con excrementos que actualmente se encuentra bajo revisión por pares. (Puedes leer una preimpresión aquí). Los científicos ya han aprovechado el método, bautizado con el nombre de “FecalSeq”, para su propio trabajo.

Extraer el ADN de un animal de sus heces no es algo nuevo. Pero hasta ahora ha sido difícil secuenciar más que fragmentos pequeños del genoma de cualquier animal a partir de sus heces. El problema es que hay un montón de bacterias en sus excrementos y puede ser difícil para la tecnología de secuenciación de ADN diferenciar entre el ADN de la bacteria y el ADN del animal. Por no hablar de que el ADN de las heces a menudo está fragmentado y es escaso.

Lo que han hecho Chiou y Bergey es desarrollar un método barato y sencillo para separar el ADN bacteriano del ADN de su huésped. En el genoma animal y bacteriano hay diferencias naturales en la frecuencia de metilación, una modificación química del ADN, en regiones del genoma llamadas CpG. La pareja fue capaz de aprovechar esta diferencia usando proteínas para vincular y aislar selectivamente el ADN de los animales y, a continuación, separarlos con imanes.

Este trabajo se basa en un estudio anterior de unos científicos que desarrollaron un método para separar bacterias orales del ADN humano con el fin de estudiar el microbioma de las personas. Esos científicos habían desarrollado un kit que permite que otros estudien el microbioma de la misma manera. Chiou y Bergey compraron el kit y simplemente invirtieron el proceso, extrayendo el ADN del huésped en lugar del bacteriano.

“Básicamente le dimos la vuelta al método”, dijo Chiou. “Estamos usando esa proteína como cebo para secuenciar el genoma animal de la mezcla”.

Su intención no es solo facilitar la recolección de ADN de las especies más asustadizas como los babuinos. Chiou y Bergey esperan que los científicos que estudian animales pocas veces vistos por los seres humanos —como el escurridizo jaguar— también puedan usar FecalSeq para saber más sobre esas criaturas esquivas y ayudar a conservarlos.

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“Hay algunos animales realmente difíciles de ver que solo conocemos a través de sus heces”, dice Chiou. “Me encantaría que este método se usara para estudiar animales como el perro venadero del Amazonas. Podrías pasar toda tu vida en el Amazonas y no verlo ni una vez”.