Cronología A: 2003, Parte 2

Poco después, Rogue se unió a los X-Men, pero un ataque de William Stryker regresó, usando sus propios poderes mutantes. hijo Jason para convertir al mutante Nightcrawler en un intento de asesinato en la Casa Blanca; en el Instituto Xavier se ven varios X-Men, incluido Charles , capturado. Los X-Men restantes se unen con Magneto y Mystique para rescatar a sus amigos y evitar que Stryker use los poderes de Jason. lavarle el cerebro a Xavier para que use su supercomputadora/amplificador de poder psíquico de detección de mutantes Cerebro para matar a todos los mutantes de la Tierra.
Magneto causa problemas a propósito, convenciendo a Jason de intentar lavarle el cerebro a Charles para que use Cerebro para matar a todos los humanos, huyendo en el caos. , pero los X-Men liberan a Charles y escapan de la base de Stryker durante una inundación. Stryker muere en el proceso, al igual que Jean Grey, quien se sacrifica para mantener fuera del agua el tiempo suficiente para que sus amigos lo salvan . (X2)