El café es una de las bebidas más consumidas del planeta, y durante décadas se estudió sobre todo por su ingrediente más famoso: la cafeína. Pero en los últimos años los científicos empezaron a mirar hacia otro lado, hacia el intestino. Allí viven billones de microorganismos que forman la microbiota, y todo indica que el café influye en ellos de una manera muy específica.
La bacteria del café

En noviembre de 2024, un equipo internacional liderado por Paolo Manghi y Nicola Segata, de la Universidad de Trento, en Italia, publicó en la revista Nature Microbiology uno de los estudios más grandes sobre el tema. Analizaron datos de alimentación y muestras de microbiota de 22.867 personas de Estados Unidos y el Reino Unido, y los compararon con datos públicos de más de 54.000 participantes de 211 grupos de estudio de distintas partes del mundo.
El resultado fue sorprendentemente claro. El consumo de café se asociaba con la presencia y la abundancia de una bacteria poco conocida, Lawsonibacter asaccharolyticus. En promedio, era unas cuatro veces más abundante en las personas que tomaban café que en las que no lo hacían. La relación era tan consistente que, solo con analizar la microbiota, los investigadores podían distinguir con bastante precisión a los bebedores de café del resto.
Para comprobar si el café realmente favorecía a esa bacteria, el equipo hizo una prueba en el laboratorio: agregaron café al medio de cultivo de Lawsonibacter aislada de heces humanas, y la bacteria creció más. Los análisis de sangre también vincularon el café y la bacteria con un compuesto, el ácido quínico y sus derivados, presentes en el café.
Un mapa del café en el intestino
Uno de los datos más curiosos del estudio es geográfico. Al analizar muestras de 25 países, los investigadores encontraron que la bacteria es muy común en países europeos con alto consumo de café per cápita, como Luxemburgo, Dinamarca y Suecia, y muy poco frecuente en lugares donde se toma mucho menos café, como China, India y Argentina.
El caso argentino es llamativo porque es un país donde la infusión cotidiana más popular es el mate, no el café. Es un indicio de que la dieta de cada población deja su huella en la composición de la microbiota.
Con y sin cafeína

Un segundo trabajo, publicado en abril de 2026 en Nature Communications por investigadores del University College Cork, en Irlanda, encabezados por el neurocientífico John Cryan, fue un paso más allá. Compararon a 31 personas que tomaban café con 31 que no. Luego, los bebedores de café dejaron de tomarlo durante 14 días y, después, volvieron a consumirlo durante 21 días, la mitad con cafeína y la otra mitad descafeinado.
Los investigadores encontraron que los bebedores de café tenían más bacterias de ciertos grupos, como Cryptobacterium y Eggerthella, y que la reintroducción del café modificaba la microbiota independientemente de que tuviera cafeína o no. Eso sugiere que otros componentes de la bebida, como los polifenoles, juegan un papel importante.
El estudio también midió efectos en el estado de ánimo y la cognición. El café con cafeína redujo la ansiedad y el malestar psicológico, mientras que el descafeinado se asoció con mejoras en la memoria episódica y en la calidad del sueño. Ambos redujeron la impulsividad. Son resultados interesantes, aunque provienen de un grupo pequeño de personas y requieren confirmación.
Lo que todavía no sabemos
A pesar del entusiasmo, conviene mantener la cautela. El estudio de 2024 es observacional: muestra una asociación muy fuerte entre el café y una bacteria, pero no demuestra que esa bacteria tenga efectos positivos para la salud. De hecho, los propios autores reconocen que sus implicaciones clínicas aún son desconocidas. Además, el consumo de café se midió con cuestionarios, que dependen de la memoria y la sinceridad de los participantes.
El trabajo de 2026, por su parte, incluyó a pocas personas y durante poco tiempo. Y la investigación sobre café suele tener una advertencia adicional: parte de ella recibe financiamiento de organizaciones vinculadas a la industria, por lo que conviene revisar siempre quién paga cada estudio.
Lo que sí parece claro es que el café no es solo cafeína. Es una mezcla compleja de cientos de compuestos que, al llegar al intestino, alimentan a ciertos microbios más que a otros. Entender qué hacen esos microbios con el café, y qué consecuencias tiene para el organismo, es el próximo paso.